こういう場合を想定されてるようで、xreaでツールが用意されています。管理画面のツール→ファイルの所有者の変更でボタンを押下します。そうすると数分で所有者がapacheのものがすべてあなたのユーザーIDに書き換わります。所有者が変更できれば、削除などはいつも通りに可能になります。
私が試したときは、ほぼ即時に変更されました。私が調べる限りでは、coreserverでもほぼ同様のようです。
xreaの場合、PHP がモジュール版・セーフモード(SAFE MODE)環境で動くようになっているので、WordPressなどから自動生成されるディレクトリとファイルの所有者が「apache」になります。
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